Karimunjawa menawarkan beberapa resor tepi pantai dengan fasilitas lengkap untuk liburan keluarga atau pasangan. Mulai dari resor dengan pantai pribadi, kolam renang outdoor, hingga pilihan sarapan gratis, setiap properti menyediakan akses langsung ke laut dan aktivitas air seperti snorkeling serta memancing. Sebagian besar resor juga memiliki restoran yang menyajikan masakan Indonesia dan internasional, termasuk opsi halal dan vegetarian. Harga menginap bervariasi, cocok untuk anggaran menengah hingga premium.
Breve Azurine Lagoon Resort (skor 88) unggul dengan lagoon pribadi dan fasilitas olahraga air. Legon Waru Cottage (skor 91) menawarkan ketenangan dengan pantai pribadi dan sarapan khas lokal. HALO Sustainable Resort (skor 46) mengusung konsep ramah lingkungan, cocok untuk wisatawan yang pedali lingkungan. Mega Resort Karimunjawa (skor 80) memiliki kolam renang, pusat kebugaran, dan antar-jemput bandara gratis. Untuk pengalaman terbaik, pilih resor dengan akses langsung ke pantai dan snorkeling.