Labuan Bajo memiliki deretan hotel tepi pantai yang menawarkan akses langsung ke laut dan pemandangan tropis. Mulai dari Bintang Flores Hotel dengan pantai pribadi dan pusat menyelam, hingga Puri Sari Beach Hotel yang dikelilingi taman hijau dengan kolam renang menghadap laut. Sebagian besar hotel berada di kawasan Waecicu Beach atau dekat Pelni Harbour, memudahkan perjalanan ke Taman Nasional Komodo. Fasilitas umum meliputi kolam renang outdoor, spa, sarapan, dan antar-jemput bandara gratis. Budget bervariasi: penginapan kelas menengah seperti Blue Parrot mulai dari Rp500.000 per malam, sementara resor mewah seperti Plataran Komodo atau Ta'Aktana bisa mencapai jutaan rupiah. Disarankan memesan jauh-jauh hari saat musim ramai (April-Oktober) untuk mendapatkan tarif terbaik.
Hotel-hotel ini juga melayani berbagai tipe tamu. Bintang Flores dan Puri Sari cocok untuk keluarga dengan area bermain dan kolam anak. Luwansa Beach Hotel menawarkan kamar bergaya butik dengan balkon pribadi. Bagi pencari kenyamanan ekstra, Sudamala Resort dan Ayana Komodo menghadirkan layanan bintang lima dan pantai pribadi eksklusif. Sylvia Resort Komodo menyediakan boat cepat ke Pulau Rinca, sementara Blue Parrot unggul dengan lokasi strategis dekat dermaga. Semua hotel menerapkan standar kebersihan tinggi dengan skor tamu di atas 80, dan sebagian besar menyediakan Wi-Fi gratis serta parkir. Pilih sesuai anggaran dan kebutuhan aktivitas air Anda.