Labuan Bajo menawarkan tujuh hotel bintang 5 yang tersebar di tepi pantai dan pulau pribadi. Dengan skor tamu antara 86 hingga 96, properti seperti Plataran Komodo Resort & Spa dan Ta'Aktana, A Luxury Collection Resort & Spa menghadirkan akomodasi eksklusif. Fasilitas mencakup kolam renang outdoor, spa, pusat kebugaran, restoran, hingga akses langsung ke pantai pribadi. Beberapa resort, seperti Ayana Komodo Waecicu Beach dan Katamaran Hotel & Resort Komodo, juga menyediakan klub anak dan area bermain, cocok untuk keluarga. Harga menginap di sini umumnya di atas Rp2.000.000 per malam, tergantung musim dan tipe kamar.
Mayoritas hotel berstatus resort dengan pelayanan bintang 5, seperti Sudamala Resort, Seraya, Flores yang menawarkan shuttle boat gratis dari Labuan Bajo Harbour. Sementara itu, Meruorah Komodo Labuan Bajo menjadi pilihan tepat bagi pelancong bisnis berkat lokasinya dekat pusat kota dan fasilitas ATM serta club anak. Jika mencari pengalaman mewah dengan pemandangan laut langsung, pilihlah hotel yang berada di tepi pantai seperti Ta'Aktana dan Plataran Komodo. Sebelum memesan, pertimbangkan aksesibilitas: hotel di pulau memerlukan perjalanan perahu, sementara hotel di darat lebih mudah dijangkau dari Bandara Komodo.