Labuan Bajo menawarkan beragam hotel bintang 4 dengan fasilitas lengkap, mulai dari tepi pantai hingga pusat kota. Sebagian besar hotel menyediakan kolam renang outdoor, akses ke pantai pribadi, pusat menyelam, dan sarapan buffet. Dengan skor tamu rata-rata di atas 80, hotel-hotel ini cocok untuk keluarga, pasangan, maupun pelancong bisnis.
Beberapa pilihan unggulan meliputi Seaesta Komodo Hotel & Hostel dengan skor 93 dan fasilitas kebugaran serta kolam renang, Luwansa Beach Hotel yang menawarkan pantai pribadi dan sarapan istimewa, serta Triple 888 Suites yang menyediakan dapur kecil untuk tamu yang ingin lebih mandiri. Pastikan memesan lebih awal, terutama saat musim ramai, dan pertimbangkan jarak ke Bandara Komodo.