Karimunjawa menawarkan pengalaman menginap yang tak terlupakan dengan hotel-hotel yang berada tepat di tepi pantai. Pilihan akomodasi seperti Laendra Sunset Karimunjawa memberikan akses langsung ke area pantai pribadi dan pemandangan laut lepas. Dengan skor ulasan 66 (Menyenangkan), guest house ini menyediakan sarapan prasmanan, restoran keluarga, dan layanan antar-jemput bandara. Cocok untuk pelancong hemat yang menginginkan lokasi strategis di tepi Laut Jawa.
Bagi pencari kenyamanan lebih, Legon Waru Cottage (skor 88 - Luar Biasa) menawarkan vila dengan pemandangan laut dari setiap kamar, sarapan kontinental, dan area pantai pribadi. Sementara Royal Ocean Resort Karimunjawa (skor 64) menghadirkan kolam renang outdoor, restoran, dan layanan kamar 24 jam. Semua hotel menyediakan parkir gratis, WiFi, dan sarapan. Anggaran mulai dari Rp300.000 per malam untuk guest house hingga Rp800.000 untuk resort tepi pantai.