Berlokasi strategis di pusat Kota Yogyakarta, kawasan Malioboro menjadi pilihan utama wisatawan karena akses mudah ke Malioboro Mall, Stasiun Tugu, dan Keraton. Guest house di sekitar Malioboro menawarkan akomodasi budget-friendly dengan tarif mulai Rp100.000-Rp300.000 per malam. Sebagian besar menyediakan WiFi gratis, AC, dan layanan 24 jam. Area Danurejan dan Sosromenduran termasuk distrik yang banyak dihuni guest house, cocok untuk backpacker atau keluarga yang ingin hemat tanpa mengorbankan lokasi.
Beberapa guest house dengan skor tinggi antara lain Losmen Setia Kawan (skor 7,9) yang menyediakan sepeda gratis dan antar-jemput bandara, serta Andrea Hotel (skor 7,9) dengan lounge dan meja depan 24 jam. Sans Hotel Mataram Malioboro (skor 7,3) menawarkan WiFi gratis dan kamar ber-AC, sementara Ec Pondokan (skor 7,1) cocok untuk keluarga dengan kamar keluarga. Hotel Batik Yogyakarta, meski tanpa nilai tinggi, menjadi pilihan bertema budaya. Bagi pelancong dengan anggaran terbatas, Monica Hotel Yogyakarta dan Losmen 2000 Tiga bisa dipertimbangkan dengan harga termurah. Semua guest house ini berjarak kurang dari 1 km dari Malioboro Mall.