Yogyakarta, kota budaya yang kaya akan candi dan keraton, menawarkan banyak pilihan akomodasi bed and breakfast yang cocok untuk wisatawan dengan anggaran terbatas hingga menengah. BnB di sini umumnya menyediakan kamar ber-AC, sarapan beragam, parkir gratis, dan akses WiFi-dengan harga yang jauh lebih terjangkau dibanding hotel besar. Area seperti Malioboro, Taman Sari, dan Umbulharjo menjadi lokasi favorit karena dekat dengan pusat wisata dan bandara Adisutjipto.
Empat pilihan unggulan meliputi The Wayang Homestay (rating 90) yang menawarkan taman, dapur bersama, dan sarapan lokal; Yogyakarta BnB Malioboro (rating 83) khusus dewasa dengan teras dan lokasi strategis; Omah Gerjen 29 (rating 91) dengan pemandangan kota, sarapan istimewa, dan parkir gratis; serta Byte Bed and Breakfast yang menyajikan sarapan kontinental dan balkon pribadi di Umbulharjo. Semua menyediakan layanan antar jemput bandara dan kamar non-rokok.